现阶段干细胞可治疗的疾病：
1、血液疾病：地中海性贫血、镰形细胞贫血、再生不良性贫血、先天性血球细胞缺乏症、巨细胞球缺乏性血小板减少症、Evan氏症候群、Fanconi氏贫血、Kostmann氏症候群、Blackfan-Diamond氏贫血。
2、恶性疾病：脑瘤、卵巢癌、睾丸癌、淋巴瘤、急生血癌、慢性血癌、固体性肿瘤、Ewing氏肉瘤、小细胞性肺癌、神经母细胞瘤、生殖细胞肿瘤、多发性骨髓瘤、骨髓发育不良症侯群。
3、先天代谢缺陷：高歇氏病脂肪储积症、骨质石化症、先天性角化不良、白血球粘着缺乏症、肾上腺脑蛋白障碍、巴尔-淋巴球症侯群、婴儿遗传性脑白质萎缩、遗传性神经元蜡样脂褐质沉积症、家族性噬红血球淋巴组织细胞增生症、Gunter氏疾病、Lesch-Nyhan氏疾病、Langerhan氏细胞组织细胞增生症。
4、免疫缺乏病变：慢性肉芽肿疾病、腺甘酸脱氨基酵素不足、X-连结淋巴组织增生疾病、严重复合免疫缺陷症、Wiskott-Aladrich症候群。
5、自体免疫疾病：红斑性狼疮、多发性硬化症、风湿性关节炎。
在临床研究，未来有可能治疗的疾病有帕金森症、阿兹海默症……等。
胚胎干细胞的发现是一个令人十分高兴的事，因为它具有分化成其他器官或组织的功能，也因此这一项科技在未来也可以被用来治疗很多被疾病所破坏的器官、组织。而其中脐带血的干细胞是取得最方便、也不必担心捐赠者突然反悔、对捐赠者完全不会造成任何伤害的移植方法。而且往往会被丢弃、被当作是废物的脐带血，若是把他损给一个需要人的，那岂不是一种另类的回收再利用吗？不过，干细胞的研究虽然带来了好处，但在利用干细胞治疗疾病的同时也可能会发现新的疾病。
脐带血的应用预料将仅止于移植，脐带血中含丰富的造血干细胞极可能是基因治疗最理想的工具细胞。遗传工程技术的精进，也许在不久的将来，造血干细胞会为许多目前束手无策的绝症带来一线曙光。文献报告显示，脐带血中之造血干细胞能更有效地接受新基因，并比骨髓造血干细胞更能支援长期造血。
